La carpeta Home siempre muestra los archivos ocultos en Ubuntu 14.04

Si a pesar de ocultar la vista de archivos ocultos en Nautilus, al volver a abrirlo se muestran nuevamente, puedes solucionarlo de la siguiente forma:

Instala dconf-editor

sudo apt-get install dconf-editor 

 Ejecuta dconf-editor, busca la clave org.gtk.Settings.FileChooser y desmarca la casilla show-hidden.

Fuente:
ForoSuse